پیش بینی فعالیت ضدسرطانی مشتقات ۱و۸- نفتیریدین توسط روش الگوریتم ژنتیک-رگرسیون خطی چندگانه

نویسندگان

  • احمدی, شهین دانشگاه گروه شیمی، واحد کرمانشاه، دانشگاه آزاد اسلامی، کرمانشاه، ایران
  • خانی, روح الله گروه شیمی دارویی، علوم پزشکی تهران ، دانشگاه آزاداسلامی، تهران، ایران
  • مقدس, مریم گروه شیمی، واحد صفادشت، دانشگاه آزاد اسلامی، صفادشت، ایران
چکیده مقاله:

سابقه و هدف: این مطالعه به مقایسه مدل سازی QSAR فعالیت ضد سرطانی ترکیبات ۱و۴-دی هیدرو-۴-اکسو-۱-(۲-تیازولیل)-۱و۸-نفتیریدین و مشتقات آن با روش رگرسیون خطی چندگانه مرحله ای (S-MLR ) و روش الگوریتم ژنتیک-رگرسیون خطی چندگانه (GA-MLR) پرداخت. روش بررسی: مجموعه ای از ۱۰۰ ترکیب با فعالیت ضد سرطانی مشخص از مقاله معتبر بین المللی انتخاب شد و روش میدان نیروی آلینجر MM2 برای کمینه کردن انرژی مولکول­ها استفاده شد. ساختار هندسی مولکول­ها از طریق روش کوانتوم نیمه تجربی روش آوستین با استفاده از الگوریتم پلاک-ریبایر (Polak-Ribiere) با استفاده از نرم افزار موپک بهینه سازی شدند. تعداد زیادی از توصیفگرهای تئوری برای هر مولکول با استفاده از نرم افزار دراگون محاسبه شد. به منظور انتخاب بهترین دسته از توصیفگرها برای مدل سازی QSAR از دو روش انتخاب متغیر ترکیب الگوریتم ژنتیک-رگرسیون خطی چندگانه و رگرسیون خطی چندگانه مرحله­ای استفاده شد. برای مدل­سازی ابتدا نمونه برداری تصادفی دسته آموزش (۸۰ درصد از داده­ها) ۲۰ بار به صورت تصادفی صورت گرفته و مولکول­های باقیمانده (۲۰ درصد باقیمانده از داده­ها) به عنوان دسته پیشگویی برای اعتبارسنجی خارجی استفاده شدند. در میان نمونه­های تصادفی، یکی از نمونه­ها با بالاترین Q2CV، Q2cal و Q2test به عنوان بهترین دسته یادگیری و آموزش انتخاب شد. با استفاده از این دسته یادگیری هر بار مدل به دو روش S-MLR و GA-MLR ایجاد شد. یافته­ها: مدل­هایQSAR  به دست آمده  با GA-MLR مجذور ضریب همبستگی اعتبارسنجی بزرگتری نسبت به روشS-MLR  داشتند. نتیجه­ گیری: نتایج این مقایسه نشان می­دهد که  می­توان با استفاده از مدل حاصل، فعالیت ترکیبات ضد سرطانی مشابه را پیشگویی کرد. واژگان کلیدی: مدل­سازی  QSAR، فعالیت ضدسرطان، انتخاب متغیر، GA-MLR، Stepwise-MLR.

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

کاربرد الگوریتم ژنتیک به همراه رگرسیون خطی چند گانه برای پیش بینی فعالیت دارویی مشتقات پیرازول ها

مطالعه ارتباط کمی ساختار- فعالیت برای پیش بینی فعالیت دارویی مشتقات پیرازول ها، با استفاده از توصیف کننده های ساختاری و روش رگرسیون خطی چند گانه توسعه داده شده است. توصیف کننده های مولکولی با استفاده از الگوریتم ژنتیک انتخاب شدند. سپس یک مدل ساده، قوی، قابل تفسیر و با خطای کم و ضریب همبستگی بالا ساخته شد. نتایج نشان می دهد که تکنیک های خطی مانند رگرسیون خطی چند گانه که با یک روش انتخاب متغیر من...

متن کامل

کاربرد الگوریتم ژنتیک به همراه رگرسیون خطی چند گانه برای پیش بینی فعالیت دارویی مشتقات پیرازول ها

مطالعه ارتباط کمی ساختار- فعالیت برای پیش بینی فعالیت دارویی مشتقات پیرازول ها، با استفاده از توصیف کننده های ساختاری و روش رگرسیون خطی چند گانه توسعه داده شده است. توصیف کننده های مولکولی با استفاده از الگوریتم ژنتیک انتخاب شدند. سپس یک مدل ساده، قوی، قابل تفسیر و با خطای کم و ضریب همبستگی بالا ساخته شد. نتایج نشان می دهد که تکنیک های خطی مانند رگرسیون خطی چند گانه که با یک روش انتخاب متغیر من...

متن کامل

مطالعه ارتباط کمّی ساختار- فعالیت برای پیش بینی فعالیت مهارکنندگی PIM مشتق‌های تری آزولوپیریدین با استفاده از الگوریتم ژنتیک ـ برازش خطی چندگانه

مطالعه ارتباط کمی ساختار ـ فعالیت (QSAR) برای مد­ل­ سازی و پیش­ بینی فعالیت مهارکنندگی PIM،39 ترکیب از مشتق­ های تری آزولوپیریدین به کار گرفته شد. نخست پس از رسم و بهینه سازی ساختار ترکیب­ ها و محاسبه توصیف کننده ­ها، مجموعه داده ­ها به­ صورت تصادفی به دو مجموعه آموزش و آزمون تقسیم شد. در انتخاب مهم­ترین توصیف کننده­ ها روش گام به گام (SW)<e...

متن کامل

پیش بینی Log P (ضریب توزیع آب‌ اکتانل) آفت‌ کش ها به کمک روش‌ رگرسیون خطی چندگانه

آفت ­‌کش­ ها از مهم‌­ترین آلاینده‌­های محیط می ­باشند و انتقال آن­‌ها از محیط زیست به داخل بدن موجود زنده و رسیدن به سطحی بالاتر ازحد طبیعی آن یکی از مهم­‌ترین نگرانی­‌های محیط زیستی می ­باشد. آفت­‌کش­‌ها به ­علت کاربردهای مختلف در زمینه بیوشـیمی و محیط زیست و کـشاورزی مورد توجه بسیاری قرار گرفته‌­اند. برای شناخت آفت‌­کش‌­ها باید خصوصیات فیزیکی و شیمیایی آن‌­ها به ­خصوص میزان سمیت آن‌­ها را مور...

متن کامل

روش های خطی و غیرخطی ارتباط کمی ساختار- فعالیت جهت پیش بینی فعالیت دارویی برخی از مشتقات آمینواسیدها

این پژوهش به پیش بینی فعالیت دارویی 38 مشتق آمینواسید به عنوان بازدارنده های هیستون دی استیلاز (hdac) جهت درمان سرطان و برخی از بیماری ها اختصاص دارد. آنزیم های hdac موجب تسریع روند حذف گروه های استیل از باقیمانده های لیزین از پروتیین های شامل هیستون (histone) می شوند. پس از محاسبه ی توصیف کننده های مولکولی مستقل، با استفاده از روش مرحله ای انتخاب متغیر و گزینش 4 توصیف کننده، جهت مدل سازی از رگ...

متن کامل

پیش بینی متغیرهای اقلیمی توسط مدل چندگانه خطی sdsm در دوره آینده برپایه سناریو a۲

در چند دهه گذشته افزایش دمای زمین موجب بر هم خوردن تعادل اقلیمی کره زمین شده و تغییرات اقلیمی گسترده ای در بیشتر سطح کره زمین ایجاد شده است که از آن به عنوان تغییر اقلیم یاد می شود. هدف از این پژوهش، پیش بینی تغییرات اقلیمی توسط مدل ریزمقیاس نمایی آماری sdsm در دوره آینده برپایه سناریو a2  می­باشد. داده های روزانه بارش، دمای کمینه و دمای بیشینه ایستگاه سینوپتیک کرمانشاه، برای دو دوره 2015-2040 ...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


عنوان ژورنال

دوره 28  شماره 3

صفحات  181- 194

تاریخ انتشار 2018-09

با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.

کلمات کلیدی

کلمات کلیدی برای این مقاله ارائه نشده است

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023